안녕하세요 Hemdog입니다.
생명과학 관련된 실험에서 antibody 참 많이 사용하시죠? 업체별로 date sheet가 다 다르게 구성돼 있는데요. 여기서 어떤 부분을 확인하고 실험을 진행해야 하는지 간단하게 알아보도록 해요^^ 아! 실험 많이 해보신 분들은 진짜 기본적인 내용이라 읽지 않으셔도 돼요! ㅋㅋ
Antibody를 선정할 때 확인해야 할 내용들
1. Targe protein
이건 당연한 이야기겠죠? 지금 실험을 하는 목적이 있을 것이고 antibody 사용을 고려하고 있다면 당연히 target protein의 이름을 정확하게 알고 가져야겠죠~ 그런데 antibody를 찾아보다 보면 내가 알고 있던 이름과 다른 이름으로 표시된 경우가 많습니다. 예를 들면, 저는 KROX-20이라는 protein에 대해 특이적으로 binding 하는 antibody를 찾고 있다고 가정해봅시다. 그래서 저는 구글에 Krox-20 antibody를 검색하였고 아래와 같은 검색 결과는 확인할 수 있습니다.
그런데 제가 찾고자 하는 KROX-20이 아닌 EGR2라고 하는 protein의 antibody들이 잔뜩 나오는 것을 볼 수 있습니다. 물론 다른 이름으로 KROX-20이 검색창에 나오는 경우도 있지만 아예 내가 찾고자 하는 protein의 이름이 나오지 않는 경우도 있습니다. 그래서 검색을 했는데 찾고자 하는 protein이 다른 이름으로 검색된다면 그 protein이 찾고 있는 protein 인지 다시 한번 확인하는 과정이 필요합니다.
Protein에 대한 다른 이름은 간단하게 위키백과에 검색해봐도 알 수 있고,
"UniProt"라는 사이트에 들가어서 확인하는 방법도 있습니다.
UniProt
The mission of UniProt is to provide the scientific community with a comprehensive, high-quality and freely accessible resource of protein sequence and functional information. UniProtKBUniProt KnowledgebaseSwiss-Prot (561,568)Manually annotated and reviewe
www.uniprot.org
이 사이트는 protein에 대한 다양항 정도를 한 번에 검색할 수 있는 사이트인데요. 예로 들었던 Krox-20을 검색해보거나 구글 검색에서 나왔던 EGR2 등을 검색해보면 두 protein이 같은 protein인지 쉽게 확인이 가능합니다. 참고해주세요^^
2. Target protein의 species
다음은 species (종)에 관련된 이야기를 해보려 합니다. 우리가 실험을 할 때 어떤 특정 종에 대한 세포나 조직을 이용하여 실험을 진행할 것입니다. 그래서 Mouse 유래의 실험 대상에서 protein를 찾는다면 Mouse라는 종이, 사람에서 유래됐다면 사람이라는 종이 생기게 될 것입니다. 우선 우리가 현재 antibody를 적용하고자 하는 protein이 어디서 유래된 protein인지 정확하게 파악하는 것이 중요합니다. Protein의 이름이 같다고 하더라도 antibody는 종에 따라 특이적으로 binding 하기 때문에 이 종 (species)를 정확하게 알고 있는 것이 중요합니다.
(혹시 내가 찾는 종에서 적용하고 싶은 protein에 대한 antibody가 존재하지 않을 경우 유사성을 파악하면 다른 종의 antibody를 사용할 수 있는 여지가 있기 때문이다. 하지만 이렇게 하는 것을 추천하지 않습니다.)
3. Antibody의 실험 가능 여부
Antibody는 많은 실험에서 사용이 가능합니다. 하지만 제조사별로 같은 protein에 binding 하는 antibody라고 할지라도 각각 적용 가능한 실험이 다릅니다. 많은 경우 웬만한 실험에 적용이 가능하다고 data sheet에 명시돼 있지만 종종 특정 실험에 대해 recommend하지 않는 경우가 있습니다. 우리가 실험을 하는데 충분한 시간이 있고 자원적 여력이 있다면 주문하여 테스트를 진행해볼 수는 있으나 다른 제조사의 antibody에서 그 실험에 대한 recomend가 있다면 굳이 그럴 필요가 있을까 생각됩니다. 그리고 제조사에서 recomend하지 않을 경우 실험이 잘 안될 가능성이 없기 때문에 이 부분도 잘 확인하여 불이익을 겪는 일이 없었으면 좋겠습니다.
제조사별 data sheet 확인
1. Santa Cruz
Santa Cruz는 antibody 실험을 해본 경험이 있으신 분들이라면 누구나 알 것이다. 많은 종류의 antibody를 보유하고 있으며, 상대적으로 저렴하다고 알려져 있어 많은 실험실에서 사용하고 있습니다.
Antibody가 어떤 종의 antibody인지 "SOURCE" 항목에 기제 돼 있네요~
그리고 "APPLICATIONS"에는 binding 하는 species와 적용 가능한 실험과 사용 농도, western blot를 할 경우 molecular weight에 기재돼있는 것을 볼 수 있습니다.
2. Merck (Milipore)
Merck 사의 antibody도 상당히 많이 사용되는 antibody다. Santa Cruz 보다는 비싼 가격이지만 결과가 잘 나오는 편이라 선호하는 사람이 많은 편이다. 원래는 milipore였으나 회사가 인수합병되면서 Merck 가 되었다. 현재는 Milipore로 검색해도 merck 홈페이지로 들어가 집니다.
예전에는 data sheet를 다른 회사들처럼 다운로드할 수 있게끔 제공했었는데 최근에는 파일의 형식으로 따로 제공하지는 않는 것으로 보인다. 홈페이지에서 필요한 내용을 확인하고 사용하길 바랍니다.
Merck의 경우, Biological information 부분에서 실험에 필요한 대부분의 상황들이 기재돼 있어서 상대적으로 보기 편하네요.
적용 가능한 실험과 어떻게 사용해야 하는지는 "Applications" 항목에 나와있으니 참고하기 바랍니다.
3. abcam
사실 저 같은 경우 abcam 사의 제품을 많이 사용하는 편입니다. antibody도 상당히 잘 나오는 편이고 다른 제품들도 상당한 수준의 제품이 많기 때문입니다. abcam 사의 antibody에는 실험마다의 reference 그림들이 다른 회사에 비해 자세히 나와있는 편이고 홈페이지에는 댓글을 통해 실제 사용자들이 실험한 결과와 사용 조건 등을 올려둔 경우가 많아 data sheet에서 정확히 찾을 수 없었던 정보를 얻을 수 있어서 매우 유용합니다. 만약에 abcam 사의 제품을 사용할 경우 data sheet에 실험 조건이 자세히 나와있지 않다면 댓글을 열어보는 것도 추천합니다.
abcam 사의 data sheet는 다른 회사에 비해 양이 많은 편이다. 그래서 필요한 부분만 발취에서 올리려 합니다
Species와 적용 가능한 실험에 대한 사용 방법 등도 자세히 나와있습니다.
또한, 위의 그림처럼 세포나 조직을 염색한 사진이나 western blot 등에서 나온 결과 등도 data sheet에 자세히 나와있습니다.
마치며..
이밖에도 많은 제조사의 antibody가 있습니다. 하지만 너무 많기 때문에 대표적인 antibody 제조사에 대한 data sheet 정보들에 대해서만 알아봤는데요~ 혹시 다른 제조사 제품을 사용하게 된다면 확인해야 할 사항들에 대해서는 꼭! 확인하고 사용하셨으면 좋겠습니다. 그것만 잘 확인해도 아무 실험이 잘될 것이라고 생각합니다.^^
오늘도 제 글 읽어주셔서 감사하고 궁금하신 점이나 더 필요한 내용 있으시면 댓글 남겨주세요. 그리고 도움이 되셨다면 공감해주시는 것 잊지 마시고요^^
오늘도 즐거운 하루 보내세요!
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